През Средновековието върху руините на римска сграда е изграден замъкът на владетеля на Перперикон.
Към него е принадлежала висока отбранителна кула от типа донжон. Тя е осмостенна и вероятно е достигала височина 15–18 м.
Днес кулата е запазена до около 7,80 м и ясно се различават три етажа.
Предполага се, че е построена през XIII век, когато Перперикон е в пределите на Българското царство. Открита е и находка от средновековен печат със сребърна позлатена пластина, върху която е изобразен цар Иван Александър.
